Forum Muslimah Dakwah Kampus Indonesia terdiri atas 4 departemen yaitu departemen pembinaan dan pengembangan dakwah kampus (P2DK), departemen informasi dan komunikasi (INFOKOM), departemen pendidikan dan pengkajian ilmiah (P2I), dan departemen sosial ekonomi (SOSEK)
1. Departemen Pembinaan dan Pengembangan Dakwah Kampus (P2DK)
Sebagai sebuah departemen yang bergerak dalam bidang pengaderan dan ekspansi dakwah kampus di Indonesia, fungsi dan perannya meliputi pelaksanaan Basic Leadership Training (BLT) 1 hingga 3.yang bertujuan untuk meningkatkan skill kepemimpinan dan wawasan kepengurusan. Serta pemaksimalan ekspansi dakwah kampus dengan melaksanakan pertemuan da’iyah perintis dakwah kampus.
2. Departemen Informasi dan Komunikasi (INFOKOM)
Sebagai sebuah departemen yang bergerak dalam bidang pengembangan media informasi dan komunikasi, fungsi dan peran Infokom sebagai pusat informasi dakwah FMDK Indonesia yang dapat diakses di seluruh Indonesia. Selain itu, perannya dalam membangun citra FMDKI sebagai lembaga dakwah yang terbuka dan sesuai manhaj Salaf serta membangun jaringan dan komunikasi dengan elemen masyarakat dan lembaga dakwah kampus adalah peran yang dijalankan departemen Infokom FMDKI.
3. Departemen Pendidikan dan Pengkajian Ilmiah (P2I)
Departemen Pendidikan dan Pengkajian Ilmiah (P2I) merupakan departemen yang berfungsi sebagai pusat syiar dakwah salaf keseluruh kampus di Indonesia melalui Lembaga Mahasiswa Muslimah (LMM). Selain itu kiprahnya dalam menganalisis kondisi atau realita sosial dan menerbitkan rekomendasi sebagai bentuk kepeduliaan FMDK Indonesia merupakan peran yang dijalankan oleh departemen ini.
4. Departemen Sosial Ekonomi (SOSEK)
Departemen Sosial Ekonomi (SOSEK) merupakan departemen yang bergerak dalam menyusun dan menjalankan sistem keuangan yang professional, melalui usaha-usaha mandiri. Selain menjalankan fungsi kartu donatur, dan rumah buku Islami , Departemen Sosek juga menjalankan usaha cathering makanan. Semua sumber keuangan ini akan digunakan dalam pengembangan dakwah kampus di Seluruh Indonesia.
